MUSEOLOGIE
- DUFOUR, C. & AYER, J., 2003. Les bases de données informatisées des collections du Muséum d’histoire naturelle de Neuchâtel : histoire, structure et accès par Internet. In: Ville de Neuchâtel– Bibliothèques et Musées 2003.
- AYER J. & MOESCHLER, P. 2014. Bio-indicateurs culturels : une vision futuriste pour les musées d’histoire naturelle de demain ? Revue de la Terre n°12
- AYER, J., 2014. Muséum Genève 2020. Projet scientifique et culturel. Ed. Muséum Genève.
- AYER, J. & Huguenin-Elie, L., parution automne 2020. Les Musées d’histoire naturelle face aux crises environnementales. Vers un engagement fort et cohérent. ICOM Belgique Wallonie Bruxelles, Vie des Musées N°30, Le musée durable .
- AYER, J., 2020. Un PSC pour repenser le Muséum de Genève. Démarche, résultats et bilan. La Lettre de l’Ocim, Dijon.
- AYER, J. (dir), HAYMANN, E., VALLOTTON, L., WAGNEUR, P. & OULEVEY, J. 2020. Muséum Genève. 200 ans d’histoire naturelle. Éditions Favre SA, Lausanne.
- MAGGIONI L., DUFOUR C., CORDIER, S., DE MONTMOLLIN PAULINE (eds), 2020. Muséum recto-verso. 40 ans d’expositions
GEOLOGIE UND PALÄONTOLOGE
- AYER, J., 1998. A la recherche des dinosaures : récit d’une campagne de fouilles paléontologiques menée aux États-Unis. Bull. Soc. Neuchâtel. Sci. nat. T 121 : 5-36.
- AYER, J. et CLAUDE, B., 2001. Découverte d’une piste de dinosaure sauropode dans le Kimméridgien de la région de Bienne. Bull. Soc. Neuchâtel. Sci. nat. T 124: 149-159.
- AYER, J., 2003. Note sur une vertèbre d’Ichthyosaure (Platypterygius Sp.) d’âge Aptien trouvée à la Presta (Jura central; canton de Neuchâtel, Suisse). Bull. Soc. Neuchâtel. Sci. nat. T 124 : 149-159.
- MATTHEY, W. ET AYER J., 2006. Table des matières et index des Bulletins et Mémoires de la Société neuchâteloise des sciences naturelles (1835-2002). Bull. Soc. Neuchâtel. Sci. nat. T 125 (2): 1-362.
- COMMENT G., AYER J. & BECKER D., 2011. Deux nouveaux membres lithostratigraphiques de la Formation de Reuchenette (Kimméridgien, Ajoie, Suisse): nouvelles données géologiques et paléontologiques acquises dans le cadre de la construction de l’autoroute A16 (Transjurane). Bulletin für angewandte Geologie, Vol. 16/1 p.3-24.
- MARTY, D., MEYER, C.A., BELVEDERE, M., AYER, J. & SCHÄFER, K.L., 2013. Rochefort— Les Grattes: an Early Tithonian dinosaur tracksite from the Canton Neuchâtel, Switzerland. Revue de Paléobiologie, 32/2, 373–384.
BÜCHER UND DOKUMENTE
- AYER J. et CHALVERAT, J., 2008. Dessine-moi un fossile. Carnet de l’apprenti(e) paléontologue. Musée jurassien des sciences naturelles de Porrentruy. 60 pp.
- CHALVERAT, J. et AYER J., 2008. Dessine-moi un fossile. Dossier pédagogique pour les enseignants. Musée jurassien des sciences naturelles de Porrentruy. 60 pp.
- AYER J. et al., 2007. Jurassique Jura. Métamorphoses d’un paysage. Société jurassienne d’Émulation et Centre Jurassien du Patrimoine. 111 pp.
- AYER, J., BONIFAZI, M. et LAPAIRE J., 2002. Le sable, secrets et beautés d’un monde minéral. Catalogue de l’exposition. Muséum d’histoire naturelle, Neuchâtel, 128 pp.
- DUFOUR, C., HAENNI, J.-P., BLANCHET, J., YERSIN, Y., MULHAUSER, B. et AYER, J., 2001. La grande illusion. Mort ou vif ? Catalogue de l’exposition. Muséum d’histoire naturelle, Neuchâtel, 127 pp.
- AYER, J. et al., 2000. Funi-nature – Le Sentier du Temps. Ville de Neuchâtel, direction du Tourisme et des Transports, 144 p.
- AYER, J., 2000. The Howe Ranch Dinosaurs: 10 years of dinosaur digging in Wyoming / Die Howe Ranch Dinosaurier: 10 Jahre Dinosauriergrabung in Wyoming (translated from the book «Un os, deux os, dinos. Les dinosaures, histoire d’un gisement au Wyoming» in english by K. Waite and in german by C. Meyer), Sauriermuseum Aathal, 95 p.
- AYER, J., 1999. Un os, deux os, dinos. Les dinosaures, histoire d’un gisement au Wyoming.Catalogue de l’exposition. Muséum d’histoire naturelle, Neuchâtel, 96 p.
- BUTTLER, A., AYER, J. et CLAUDE, B., 1996. Coup d’oeil sur la nature en ville de Neuchâtel. Ligue neuchâteloise pour la protection de la nature, 134p.
- AYER, J., DUFOUR, C., DUFOUR-FALLOT, B., HAENNI, J.P., LITZISTORF, N., LONGET, R., ZANASCO, J. L., 1996. L’air, ou les malheurs de Zéphyr. Catalogue de l’exposition. Muséum d’histoire naturelle, Neuchâtel et Soc. suisse pour la protection de l’environnement, Genève, 96p.
- AYER, J., DUFOUR, C., et HAENNI, J.P., 1995. Vom Himmel gefallen… Meteorite und Katastrophen. Guide de l’exposition en allemand. Muséum d’histoire naturelle, Neuchâtel, 28 p.
- AYER, J., 1995. Tombé du ciel… Météorites et catastrophes. Catalogue de l’exposition. Muséum d’histoire naturelle, Neuchâtel, 88 p.
- AYER, J., DUFOUR, C. et HAENNI, J.P., 1995. Tombé du ciel… Météorites et catastrophes. Guide de l’exposition. Muséum d’histoire naturelle, Neuchâtel, 28 p.